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바이오데이터엔지니어 과정 (2021)
과정소개
바이오데이터엔지니어 2021년 과정
수료기준
| 평가기준 | 진도 | 시험 | 과제 | 토론 | 기타 |
|---|---|---|---|---|---|
| 배점 | 0% | 100% | 0% | 0% | 0% |
| 과락기준 | 100% | 0점 | 0점 | 0점 | 0점 |
※ 수료기준은 각 평가항목의 점수가 과락기준 점수 이상이고 총점이 60점 이상이어야 합니다.
강의목차
| 차시 | 강의명 |
|---|---|
| 과정소개 | |
| 1차시 | 바이오데이터엔지니어 소개(2021, 아주대 우현구) |
| 바이오입문 | |
| 2차시 | 기초_바이오데이터_1-1. PCR(아주대 김은영) |
| 3차시 | 기초_바이오데이터_1-2. Cloning(아주대 김은영) |
| 4차시 | 기초_바이오데이터_2-1. Purification of Proteins (Part 1)(아주대 장영주) |
| 5차시 | 기초_바이오데이터_2-2 Purification of Proteins (Part 2)(아주대 장영주) |
| 6차시 | 기초_바이오데이터_3-1. Detection of Proteins (이론)(아주대 김유선) |
| 7차시 | 기초_바이오데이터_3-2. Detection of Proteins (실습)(아주대 김유선) |
| 8차시 | 기초_바이오데이터_4. Cell culture(아주대 권명희) |
| 9차시 | 기초_바이오데이터_5. Detection of Proteins_IHS(아주대 김병곤) |
| 10차시 | 기초_바이오데이터_6-1. Protein & Antibody Engineering (Part 1)(아주대 장영주) |
| 11차시 | 기초_바이오데이터_6-2. Protein & Antibody Engineering (Part 2)(아주대 장영주) |
| 12차시 | 기초_바이오데이터_7-1. Clinical Application of Antibody (Part 1)(아주대 장영주) |
| 13차시 | 기초_바이오데이터_7-2. Clinical Application of Antibody (Part 2)(아주대 장영주) |
| 14차시 | 기초_바이오데이터_8-1. Research Technology using FACS (이론)(아주대 박선) |
| 15차시 | 기초_바이오데이터_8-2. Research Technology using FACS (실습)(아주대 박선) |
| 16차시 | 기초_바이오데이터_9. Resarch Techonology using Animals(아주대 이영수) |
| 데이터 기초 | |
| 17차시 | LAB01_리눅스기초(아주대 조성호) |
| 18차시 | R programming I(아주대_최지혜) |
| 19차시 | R programming II(아주대_권소미) |
| 20차시 | R programming III(아주대_최지혜) |
| 21차시 | 부록 - R 프로그램 설치 및 명령어 예제 |
| 바이오통계 | |
| 22차시 | 기초_바이오통계_1-1. 기초통계 이론_기술통계학(아주대 박범희) |
| 23차시 | 기초_바이오통계_1-2. 기초통계 이론_연구설계(아주대 박범희) |
| 24차시 | 기초_바이오통계_1-3. 기초통계 이론_추정_정규분포(아주대 박범희) |
| 25차시 | 기초_바이오통계_1-4. 기초통계 이론_통계적 추론_가설검정(아주대 박범희) |
| 26차시 | 기초_바이오통계_2-1. R 소개 및 실습(아주대 박범희) |
| 27차시 | 기초_바이오통계_2-2. R 실습_기초통계(아주대 박범희) |
| 28차시 | 기초_바이오통계_3-1. 연속형 자료분석 이론_평균비교(아주대 박범희) |
| 29차시 | 기초_바이오통계_3-2. 연속형 자료분석 이론_회귀분석(아주대 박범희) |
| 30차시 | 기초_바이오통계_3-3. R 실습_평균비교(아주대 박범희) |
| 31차시 | 기초_바이오통계_4-1. 범주형 자료분석 이론(아주대 박범희) |
| 32차시 | 기초_바이오통계_4-2. R 실습_범주형 자료분석(아주대 박범희) |
| 의학통계 | |
| 33차시 | 선형회귀모형I(아주대 권순선) |
| 34차시 | 선형회귀모형II(아주대 권순선) |
| 35차시 | 로지스틱회귀모형(아주대 권순선) |
| 36차시 | 진단검사(아주대 권순선) |
| 37차시 | 생존자료분석(아주대 권순선) |
| 38차시 | 반복측정자료분석(아주대 권순선) |
| 유전체데이터 -기초 | |
| 39차시 | 유전체 연구 소개 (아주대 우현구)- History of Human Genome |
| 40차시 | 유전체 연구 소개 (아주대 우현구)- Functional Genomics |
| 41차시 | 유전체 연구 소개 (아주대 우현구)- Precision Medicine |
| 42차시 | Introduction to Next generation sequencing (NGS) (아주대 우현구) |
| 43차시 | Next generation sequencing (아주대 우현구)- 2. RNA-SEQ |
| 44차시 | 유전체 산업소개_이론(테라젠_김태형) |
| 45차시 | 차세대염기서열결정법_이론(테라젠_안궁) |
| 46차시 | 차세대염기서열결정법_실습(테라젠_안궁) |
| 47차시 | WES_01_1(서울대 최무림) |
| 48차시 | WES_01_2(서울대 최무림) |
| 49차시 | WES_02_1(서울대 최무림) |
| 50차시 | WES_02_2(서울대 최무림) |
| 51차시 | WES_03(서울대 최무림) |
| 52차시 | WES_03_실습(서울대 최무림) |
| 53차시 | WES_04(서울대 최무림) |
| 54차시 | WES_04_실습1(서울대 최무림) |
| 55차시 | WES_04_실습2(서울대 최무림) |
| 56차시 | WES_04_실습3(서울대 최무림) |
| 57차시 | WES_05(서울대 최무림) |
| 58차시 | WES_06(서울대 최무림) |
| 59차시 | WGS_1_convert(서울대 최무림) |
| 60차시 | WGS_실습1(서울대 최무림) |
| 61차시 | WGS_실습2(서울대 최무림) |
| 62차시 | RNA-SEQ Technology_이론(아주대_박대찬) |
| 63차시 | RNA-SEQ processing(아주대_박대찬) |
| 64차시 | Gene set analysis and Machine learning (아주대 우현구)- 1. Differential expression analysis |
| 65차시 | Gene set analysis and Machine learning (아주대 우현구)- 2. Gene set analysis |
| 66차시 | Gene set analysis and Machine learning (아주대 우현구)- 3. Machine learning and Classification |
| 67차시 | Differential Expression(부산대_김윤학) |
| 68차시 | Gene Ontology / Gene Set / Pathway Analysis(부산대_김윤학) |
| 69차시 | Bioconductor(아주대_최지혜) |
| 70차시 | Clustering/Classification(아주대_최지혜) |
| 71차시 | 공개유전체 데이터 실습 (GEO/SRA) (아주대_김규태) |
| 72차시 | 공개유전체 데이터 활용(CMAP/LINCS)(아주대_권소미) |
| 73차시 | 공개유전체 데이터 활용 (TCGA)(아주대_최지혜) |
| 74차시 | Network analysis(아주대_권소미) |
| 75차시 | Epigenomics-1강(포항공대 노태영, 2021) |
| 76차시 | Epigenomics-2강(포항공대 노태영, 2021) |
| 77차시 | Epigenomics-3강(포항공대 노태영, 2021) |
| 78차시 | Single Cell Sequencing 분석 I (아주대_김규태) |
| 79차시 | Single Cell Sequencing 분석 II (아주대_김규태) |
| 80차시 | Data Analysis for Single-Cell RNA-Seq I (아주대 임수빈) |
| 81차시 | Data Analysis for Single-Cell RNA-Seq II (아주대 임수빈) |
| 82차시 | Data Analysis for Single-Cell RNA-Seq III (아주대 임수빈) |
| 83차시 | Data Analysis for Single-Cell RNA-Seq IV (아주대 임수빈) |
| 유전체실습(온라인) | |
| 84차시 | LAB02_RNASeq_preprocessing(아주대 이병길) |
| 85차시 | LAB03_RNASeq_expressionSet(아주대 최지혜) |
| 86차시 | LAB04_RNASeq_DEG_GO(아주대 최지혜) |
| 유전체데이터 - 심화 | |
| 87차시 | Sanger vs. NGS(인실리코젠 김경윤) |
| 88차시 | NGS 정의 및 개요(인실리코젠 김경윤) |
| 89차시 | Whole Genome Sequencing(인실리코젠 김경윤) |
| 90차시 | De novo assembly(인실리코젠 김경윤) |
| 91차시 | Structural annotation(인실리코젠 김경윤) |
| 92차시 | Functional annotation(인실리코젠 김경윤) |
| 93차시 | 변이 분석 개요(인실리코젠 김경윤) |
| 94차시 | NGS 기반 유전자 검사(인실리코젠 김경윤) |
| 95차시 | Reference assembly 맵핑과 변이 검출(인실리코젠 김경윤) |
| 96차시 | Variant annotation 및 임상적 해석(인실리코젠 김경윤) |
| 97차시 | chemoinformatics(동국대_이민호) |
| 98차시 | Genetic Epidemiology (GWAS) (인천대_한미령) |
| 99차시 | Genetic Epidemiology (GWAS 실습) (인천대_한미령) |
| 100차시 | GWAS 분석(인실리코젠 김경윤) |
| 101차시 | Genomic Epidemiology/GWAS1-QC-(경희대 임지은) |
| 102차시 | Genomic Epidemiology/GWAS2_MAF-qt-means-(경희대 임지은) |
| 103차시 | Genomic Epidemiology/GWAS3_haploview-publicDB-(경희대 임지은) |
| 104차시 | 마이크로바이옴(부산대_나희삼) |
| 105차시 | 마이크로바이옴 분석(부산대_나희삼) |
| 106차시 | Microbiome analysis; Hands on tutorial – QIIME 2 module I(경희대 이재형) |
| 107차시 | Microbiome analysis; Hands on tutorial – QIIME 2 module II(경희대 이재형) |
| 108차시 | Microbiome analysis; Hands on tutorial – QIIME 2 module III(경희대 이재형) |
| 109차시 | Microbiome analysis; Hands on tutorial – QIIME 2 module IV(경희대 이재형) |
| 110차시 | Microbiome analysis; Hands on tutorial – QIIME 2 module V(경희대 이재형) |
| 111차시 | miRNA_session1(한양대 남진우) |
| 112차시 | miRNA_session2(한양대 남진우) |
| 113차시 | 액체생검 (연세대 방두희) |
| 인체의 이해 | |
| 114차시 | 1_What is Life (1)-Homeostasis(아주대 이수환) |
| 115차시 | 1_What is Life (2)-Membrane Transport(아주대 이수환) |
| 116차시 | 2_How to communicate (1)_ Humoral control(아주대 이수환) |
| 117차시 | 2_How to communicate (2)_ Electrical control(아주대 백은주) |
| 118차시 | 3_How to feel_ Sensory system(아주대 백은주) |
| 119차시 | 4_How to move (1)_ Motor system(아주대 백은주) |
| 120차시 | 4_How to move (2)_ Muscle system(아주대 백은주) |
| 121차시 | 5_How to transport blood(아주대 이수환) |
| 122차시 | 6_How to eat and digest(아주대 이수환) |
| 123차시 | 7_How to breath(아주대 백은주) |
| 124차시 | 8_How to remove wates from the blood_ The renal system(아주대 백은주) |
| 125차시 | 9_How to protect our body(아주대 이수환) |
| 126차시 | 10_How to control our internal environment(아주대 이수환) |
| 127차시 | 11_How to think, feel, say, learn and memory(아주대 백은주) |
| 질병의 이해 | |
| 128차시 | Biology of the cancer-1(아주대 박태준) |
| 129차시 | Biology of the cancer-2(아주대 박태준) |
| 130차시 | Biology of the cancer-3(아주대 박태준) |
| 의료정보의 인공지능활용 분석 - 심화 | |
| 131차시 | 딥러닝이론 (연세대 윤덕용) - 1. Introduction |
| 132차시 | 딥러닝이론 (연세대 윤덕용)- Convolution Neural Network |
| 133차시 | 딥러닝이론 (연세대 윤덕용)- Recurrent Neural Network |
| 134차시 | 딥러닝이론 (연세대 윤덕용)- Artificial Neural Network |
| 135차시 | 딥러닝이론 (연세대 윤덕용)- Autoencoder |
| 136차시 | 딥러닝이론 (연세대 윤덕용)- Strategy for Training |
| 137차시 | 딥러닝모델링실습(1) (연세대 윤덕용) |
| 138차시 | 딥러닝모델링실습(2) (연세대 윤덕용) |
| 139차시 | 딥러닝모델링실습(3) (연세대 윤덕용) |
| 140차시 | 딥러닝모델링실습(4) (연세대 윤덕용) |
| 141차시 | 딥러닝모델링실습(5) (연세대 윤덕용) |
| 의료정보데이터베이스 - 심화 | |
| 142차시 | 데이터베이스와 의료데이터의 이해 (이론)(연세대 윤덕용) |
| 143차시 | 의료데이터를 이용한 빅데이터 활용 사례 (이론)(연세대 윤덕용) |
| 144차시 | MS-SQL 설치 및 환경설정 (이론) (Windows/Mac/Linux)(연세대 윤덕용) |
| 145차시 | MS-SQL 설치 및 환경 설정 실습 1(연세대 박찬민) |
| 146차시 | MS-SQL 설치 및 환경 설정 실습 2(연세대 박찬민) |
| 147차시 | SQL문: 데이터 추출(연세대 윤덕용) |
| 148차시 | SQL Practice I : Data extraction(연세대 최병식) |
| 149차시 | SQL문: 데이터 연계 (조인 및 부속질의)(연세대 윤덕용) |
| 150차시 | SQL Practice II : Data linkage(연세대 김유정) |
| 151차시 | SQL문: 데이터 가공 (create/alter/drop/insert/update 및 내장함수)(연세대 윤덕용) |
| 152차시 | SQL Practice III : Data manipulation(연세대 박남기) |
| 153차시 | 데이터 처리 및 관리1 (Null값처리, 뷰, 인덱스)(연세대 윤덕용) |
| 154차시 | SQL Practice IV : Data processing 1(연세대 한창호) |
| 155차시 | 데이터 처리 및 관리2 (Cursor와 transaction)(연세대 윤덕용) |
| 156차시 | SQL Practice V : Data processing 2(연세대 한창호) |
| 인공지능 - 심화 | |
| 157차시 | [1차시-1] 데이터분석 및 기계학습 소개 (1주차)(아주대 신현정) |
| 158차시 | [1차시-2] 파이썬(Python) 기초 (1주차)(아주대 지종호) |
| 159차시 | [2차시] 상관분석, 파이썬 기초(2)_(아주대 신현정) |
| 160차시 | [3차시] 회귀분석, 데이터전처리_(아주대 신현정) |
| 161차시 | [4차시] 의사결정나무, 파이썬실습_(아주대 신현정) |
| 162차시 | [5차시] 서포트벡터머신,모델평가,파이썬실습_(아주대 신현정) |
| 163차시 | [6차시] Introduction to NN and DL(아주대 손경아) |
| 164차시 | [7차시] 딥러닝 실습을 위한 케라스(Keras) 기초(아주대 장승민) |
| 165차시 | [8차시] Convolutional NN & Recurrent NN (이론)(아주대 손경아) |
| 166차시 | [9차시-1] CNN실습_tutorial1(아주대 신욱수) |
| 167차시 | [9차시-2] CNN실습_tutorial2(아주대 신욱수) |
| 168차시 | [9차시-3] CNN실습_tutorial3(아주대 신욱수) |
| 169차시 | [9차시-4] CNN실습_tutorial4(아주대 신욱수) |
| 170차시 | [9차시-5] CNN실습_tutorial5(아주대 신욱수) |
| 171차시 | [9차시-6] CNN실습_tutorial6(아주대 신욱수) |
| 172차시 | [9차시-7] RNN실습(아주대 장승민) |
| 173차시 | [10차시] Unsupervised learning (PCA, Autoencoder)(아주대 손경아) |
| 174차시 | [11차시] 의료데이터를 이용한 분석 사례(연세대 윤덕용) |
| 175차시 | [12차시] 인공지능 활용 의료데이터 분석 (이론)(연세대 윤덕용) |
| 176차시 | [13차시] 인공지능 활용 의료데이터 분석 (실습)(장종환) |
| 177차시 | [14차시] 인공지능 활용 의료데이터 분석 (실습2)(장종환) |
| 의약학 | |
| 178차시 | 약물과학 바이오 데이터의 이해와 활용 1 (아주대 김소희) |
| 179차시 | 약물과학 바이오 데이터의 이해와 활용 2 (아주대 김소희) |
| 180차시 | 생명약학 바이오 데이터의 이해와 활용(아주대 정이숙) |
| 181차시 | 생명약학 바이오 데이터의 이해와 활용(아주대 전상민) |
| 182차시 | 임상약학 바이오 데이터의 이해와 활용 1 (아주대 이숙향) |
| 183차시 | 임상약학 바이오 데이터의 이해와 활용 2 (아주대 이숙향) |
| 184차시 | 임상약학 바이오 데이터의 이해와 활용 3 (아주대 이숙향) |
| 185차시 | 바이오화학 데이터의 이해와 활용(아주대 신일진) |
| 186차시 | 약물전달기술 바이오 데이터의 이해와 활용 1 (아주대 서민덕) |
| 187차시 | 약물전달기술 바이오 데이터의 이해와 활용 2 (아주대 서민덕) |
| 신약개발 - 중급 | |
| 188차시 | 항체 개요, 항체개발 기술, 치료용항체 현황-제1장(아주대 권명희) |
| 189차시 | 항체 개요, 항체개발 기술, 치료용항체 현황-제2장(아주대 권명희) |
| 190차시 | 항체 개요, 항체개발 기술, 치료용항체 현황-제3장(아주대 권명희) |
| 191차시 | Protein Modeling(아주대 Shah Masaud / English) |
| 192차시 | protein-protein docking(아주대 Shah Masaud/ English) |
| 193차시 | Antibody-modeling(아주대 Shah Masaud / English) |
| 194차시 | SBDD_EGFR(아주대 Shah Masaud / English) |
| Single Cell Week - Symposium Ⅰ | |
| 195차시 | Clonal dynamics in early human embryogenesis inferred from somatic mutation_주영석 교수 |
| 196차시 | Unmasking cell-to-cell transcriptional heterogeneity_김규태 교수 |
| 197차시 | Bioinformatics studies with AI approach for precision medicine of fusion genes_김보라 교수 |
| 198차시 | See Everything Quickly through SEQ-Scope -- Microscopic Examination of Spatial Transcriptome_이준희 교수 |
| Single Cell Week - Symposium Ⅱ | |
| 199차시 | Quantifying cellular identity with multimodal single-cell analysis_Aaron Streets |
| 200차시 | NGS-based Spatial Multi-Omics Mapping via DBiT-seq_Rong Fan |
| 201차시 | Single-cell biology is advanced by precision cellular-to-molecular tools_Amy Herr |
| 202차시 | from single cell to subcellular biology_김준형 교수 |
| Single Cell Week - Mentoring Ⅰ | |
| 203차시 | Room 1_ Bulk RNA-seq (김도협 박사) 1 |
| 204차시 | Room 2_ 이미징_파이썬_의료 AI (양희원 교수) |
| 205차시 | Room 2_ 이미징_파이썬_의료 AI (김양준_김예슬 박사) |
| 206차시 | Room 3_ R_파이썬 설치 및 기초 (강관석 박사) |
| 207차시 | Room 3_ R_파이썬 설치 및 기초 (정민우) |
| 208차시 | Room 4_ scRNA-seq (유용진 박사) |
| 209차시 | Room 5_ scRNA-seq (Tim Wang) |
| 210차시 | Room 6_ scATAC-seq (Wilson Tan) |
| 211차시 | Room 7_ 진로_유학 멘토링 패널 디스커션 (이나래 박사) |
| 212차시 | Room 7_ 진로_유학 멘토링 패널 디스커션 (이경진) |
| 213차시 | Room 7_ 진로_유학 멘토링 패널 디스커션 (신혜윤) |
| 214차시 | Room 8_ 논문 피겨 만들기 (조상균 박사) |
| Single Cell Week - Mentoring Ⅱ | |
| 215차시 | Room_1 Bulk RNA-seq (김도협 박사) 2 |
| 216차시 | Room 2_ Python 이미징 (김양준 박사) |
| 217차시 | Room 3_ Single Cell RNA-seq (김정,리시연 박사) |
| 218차시 | Room 4_ Spatial Transcriptomics (김준일 교수) |
| 219차시 | Room 5_ scRNA-seq (Tim Wang) |
| 220차시 | Room 6_ scATAC-seq (Wilson Tan) |
| 221차시 | Room 8_ 영어 인터뷰 멘토링 (이재은) |
| 생물정보학 머신러닝 (워크샾) | |
| 222차시 | Shrinkage Methods and Tree Ensembles for High-dimensional Sparse Data_황규백 |
| 223차시 | Cancer big data analysis_홍동완_1 |
| 224차시 | Mutational signatures in cancer genomes_주영석 |
| 225차시 | 3D Epigenome in Gene Regulation(실습)_정인경 |
| 226차시 | 3D Epigenome in Gene Regulation(이론)_정인경 |
| 227차시 | Introduction to artificial intelligence, machine learning, and deep learning_정성원 |
| 228차시 | Dimensionality Reduction_이제근 |
| 229차시 | Bayesian interpretation in the context of large biological data collections_이영석 |
| 230차시 | Single-cell RNA-sequencing Analysis of Cancer_이세민 |
| 231차시 | Human microbiome studies with bioinformatics approaches_이선재 |
| 232차시 | SVM(Support Vector Machine)의 개념과 활용_이상근 |
| 233차시 | Introduction to Next Generation Sequencing data analysis with Galaxy_이동성 |
| 234차시 | Introduction to Biostatistics Using R & Rex_원성호 |
| 235차시 | Introduction of Hail for Whole Genome Sequencing Analysis(실습)_안준용 |
| 236차시 | Introduction of Hail for Whole Genome Sequencing Analysis(이론)_안준용 |
| 237차시 | Human Cell Atlas and integrative data analysis using single-cell databases_박종은 |
| 238차시 | Pharmacogenomics in Drug Discovery and Development_남호정 |
| 239차시 | Introduction to single cell transcriptomics analysis(실습)_김준일 |
| 240차시 | Introduction to single cell transcriptomics analysis(이론)_김준일 |
| 241차시 | Mass Spectrometry-based Proteomics(실습)_김민식 |
| 242차시 | Mass Spectrometry-based Proteomics(이론)_김민식 |
| 243차시 | Multi-omics driven systematic approaches to understand cancer complexity(실습)_김권일 |
| 244차시 | Multi-omics driven systematic approaches to understand cancer complexity(이론)_김권일 |
